В управлението на Мрежата важна роля играят постоянните и временни комисии.

С решение на Общото събрание на ОМЕЕ ЕкоЕнергия, проведено на 3 декември 2010 г. бяха избрани следните постоянни комисии:

Комисия по Бюджет и финанси в състав общини: Свищов, Сливен и Търговище;
Комисия по Устава, вътрешния правилник и членството в състав общини: Горна Оряховица, Добрич и Лом;
Комисия по Информация и обучение в състав общини: Белене, Лясковец и Пазарджик;
Комисия по Общинска енергийна политика в състав общини: Левски, Ловеч, Свищов, Смолян и Ямбол.

Общото събрание избра временна комисия по плана за работа в състав общини: Габрово, Добрич и Разград.