В управлението на Мрежата важна роля играят и т. нар. постоянни и временни комисии.

С решение на Общото събрание на ОМЕЕ ЕкоЕнергия, проведено на 7 февруари 2007 г. бяха избрани следните постоянни комисии:

• Комисия по Бюджет и финанси в състав общини: Севлиево, Свищов и Търговище
• Комисия по Устава, вътрешния правилник и членството в състав общини: Лом, Горна Оряховица и Силистра
• Комисия по Информация и обучение в състав общини: Айтос, Белене и Лясковец
• Комисия по Общинска енергийна политика в състав общини: Левски, Ловеч, Свищов, Мадан и Смолян.

На същото Общо събрание бе избрана и временна комисия по плана за работа в състав общини: Габрово, Белоградчик и град Добрич.