В управлението на Мрежата важна роля играят и т. нар. постоянни и временни комисии.

С решение на Общото събрание на ОМЕЕ ЕкоЕнергия, проведено на 5 март 2009 г. бяха избрани следните постоянни комисии:

• Комисия по Бюджет и финанси в състав общини: Свищов, Сливен и Търговище.
• Комисия по Устава, вътрешния правилник и членството в състав общини: Лом, Горна Оряховица и Силистра
• Комисия по Информация и обучение в състав общини: Пазарджик, Белене и Лясковец
• Комисия по Общинска енергийна политика в състав общини: Левски, Ловеч, Свищов, Мадан и Смолян.

На същото Общо събрание бе избрана и временна комисия по плана за работа в състав общини: Габрово, Криводол и град Добрич.