ЕкоЕнергия и Агенцията по енергийна ефективност имат дългосрочно сътрудничество в областта на енергийната ефективност в общините, политиката за енергийна ефективност и провеждането на събития, свързани с нея.

През 2005 г. между ОМЕЕ ЕкоЕнергия, Агенцията за енергийна ефективност и Националното сдружение на общините в РБългария бе сключено споразумение за сътрудничество и съвместна дейност в областта на енергийната ефективност и устойчовото развитие на българските общини.

Съвместните дейности са насочени към подобряване на енергийната ефективност в българските общини и за преодоляване на социално-икономическите последствия, свързани с все още високата енергоемкост на енергопотреблението в общините.

Едно от основните направления на сътрудничество с АЕЕ е усъвършенстването на законовата рамка по енергийна ефективност, както и въвеждането на стимули за по-ефективно използване на енергията при крайното потребление.